Los combustibles de origen biológico pueden sustituir parte del consumo en combustibles fósiles tradicionales (petróleo, carbón), algunos los consideran una fuente de energía renovable y que tiene poco impacto ambiental, sin embargo la utilización de semillas transgénicas(mutadas) y grandes cantidades de agroquímicos, así como la ampliación de la frontera agrícola de muchos países, mediante el desmonte de selvas y bosques nativos, cuestionan severamente esta teoría.
En Argentina y Brasil están siendo destruídas diariamente grandes extensiones de bosques nativos, para la plantación de soja y maíz cuyo destino será la producción de biocombustibles, además de alimentos. Esto contribuye al fenómeno del cambio climático y la desertificación de los suelos.
Algunos expertos y ambientalistas prefieren llamarlos agrocombustibles, pues consideran que el prefijo "bio" no es adecuado.
Los biocombustibles más usados y desarrollados son el bioetanol y el biodiésel.
El bioetanol, también llamado etanol de biomasa, se obtiene a partir de maíz, sorgo, caña de azúcar o remolacha. Brasil es el principal productor de Bioetanol (45% de la producción mundial), Estados Unidos representa el 44%, China el 6%, La Unión Europea el 3%, India el 1% y otros países el restante 1%.
El biodiesel, se fabrica a partir de aceites vegetales, que pueden ser ya usados o sin usar. En este último caso se suele usar raps, canola, soja o jatrofa, los cuales son cultivados para este propósito. El principal productor de biodiésel en el mundo es Alemania, que concentra el 63% de la producción. Le sigue Francia con el 17%, Estados Unidos con el 10%, Italia con el 7% y Austria con el 3%.

La caña de azúcar, productora de bioetanol.
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